Fernandes Pinheiro, originalmente chamado de Imbituvinha, tem suas raízes no tropeirismo do século XIX e na chegada de imigrantes europeus que impulsionaram a agricultura e o extrativismo da erva-mate. A inauguração da estação ferroviária em 1900, homenageando o engenheiro Antônio Augusto Fernandes Pinheiro, marcou o crescimento econômico da região, baseado na produção madeireira e no comércio local. Nas décadas seguintes, o declínio das araucárias levou ao fechamento de serrarias, mas o comércio e a religiosidade continuaram a moldar a identidade da comunidade.

Na década de 1990, a insatisfação com a administração de Teixeira Soares levou a um movimento pela emancipação. Foi realizado um plebiscito em dezembro de 1995, no qual a maioria votou a favor da autonomia. A Lei Estadual 11.266, de 21 de dezembro de 1995, oficializou a criação do município, e a primeira eleição municipal ocorreu em 1996, resultando na posse do prefeito Emygdio Serpe e de sua equipe em janeiro de 1997.

A emancipação foi um marco na história de Fernandes Pinheiro, consolidando sua autonomia administrativa e fortalecendo o desenvolvimento local. A importância desse processo contou com a mobilização de diversas lideranças, como Elias Francisco Loss, João Vilmar Antunes Guimarães, Paulo Pavelski, João Roos, Levy Varela, Antonio Toti Colaço e também parte da população, refletindo o desejo de progresso e melhores condições de vida. Hoje, o município preserva suas tradições culturais e religiosas, enquanto busca novas oportunidades de crescimento, mantendo viva a memória de sua trajetória histórica.